داستان بازی Doom 2016 در سال ۲۱۴۹ و در یک تأسیسات پژوهشی روی سیاره مریخ جریان دارد. این تاسیسات توسط دکتر «ساموئل هِیدن»، یک دانشمند UAC اداره میشود، کسی که به خاطر بیماری سرطان مغز حالا در یک بدن اندروید ساکن است. پژوهشگران تاسیسات UAC در تلاش هستند تا طی فرآیندی از جهنم انرژی بگیرند. جهنم یک بُعد دیگر است که شیطانها در آن سکونت دارند.
این تلاش به منظور حل یک بحران انرژی روی زمین انجام میگرفت و قرار بود فرآیند تبادل انرژی از طریق برجی به نام برج «آرجنت» صورت گیرد. هیدن در کنار این فرآیند، چند سفر اعزامی به جهنم را تدارک دید و تعدادی آثار و شیاطین اسیر شده را برای مطالعه استخراج کرد. در میان این آثار یک تابوت سنگی بود که حامل جنگجویی به نام «دووم اسلایر» بود، کسی که پس از ایجاد یک هیاهو در جهنم توسط شیطانها زندانی شده بود.
وقتی یکی پژوهشگران تاسیسات به نام «اولیویا پیرس»، پیمانی را با شیطانها بست و دروازهای را به جهنم باز کرد، تاسیسات مورد تصاحب شیاطین قرار گرفت و کارکنان زیادی جان خود را از دست دادند. هیدن با ناامیدی از شرایط به وجود آمده اقدام به رهاسازی دووم اسلایر کرد تا با هجوم شیاطین مقابله کند و دروازه را ببندد. دووم اسلایر پس از دریافت لباس مخصوصش، در سراسر تاسیسات مبارزه کرد. او ابتدا سیستمهای ماهوارهای را اصلاح کرد و سپس به کمک هوش مصنوعی متعلق به هیدن یعنی «وگا» پی برد که همه کرکنان به استثنای «هیدن» و «پیرس» کشته شدهاند یا تبدیل به شیطان شدهاند.