آرنو متوجه می‌شود که ژرمن قصد دارد تا با ایجاد جرقه در بین توده‌های مردم، آنها را به قیام علیه پادشاه فرانسه وادار کند. آرنو برای جلوگیری از این موضوع با دشمنان زیادی روبرو می‌شود و بسیاری از آنها را به قتل می‌رساند.

 او در این راه با شخصیت‌های معروفی مثل «ناپلئون بناپارت»، که در آن زمان یک افسر ساده‌ی توپخانه بود نیز همراه می‌شود و حتی به کمک او «کاپیتان رولی» را که در واقعه‌ی قتل‌عام سپتامبر ۱۷۹۲ در کنار ناپلئون بود، از پیش رو برمی‌دارد. آرنو در ادامه تلاش می‌کند تا باغ تویلری را پیدا کند و نگذارد که نامه‌های میرابو به شاه لوییس، به دست تمپلارها بیفتد، چون آنها می‌توانستند از این نامه‌های به عنوان بهانه‌ای برای تارومار کردن اساسین‌ها استفاده کنند.

آرنو پس از نجات جان الیزه از او می‌خواهد تا با انجمن اساسین‌ها مذاکره کند؛ این در حالی است که الیزه نیز اعلام می‌کند که گروه تمپلارهای تحت سرپرستی‌اش با تحریک سیج دچار تفرقه شده‌اند. میرابو که احتمال می‌‌دهد الیزه در آینده رهبری تمپلارها را بر عهده می‌گیرد، از مذاکره با او استقبال می‌کند، اما بلک که صلح با تمپلارها را یک خیانت بزرگ به اساسین‌ها می‌داند، با مسموم کردن میرابو او را به قتل می‌رساند.

 بلک از آرنو می‌خواهد تا با وی همکاری کند، اما آرنو درخواست بلک را رد کرده و پس از درگیری با او مجبور به کشتنش می‌شود. سپس آرنو و الیزه سوار بر بالن فرار می‌کنند. آرنو به الیزه می‌گوید که هنوز به او علاقمند است.
در حالی که انقلاب فرانسه به اوج خود رسیده است، آرنو به تعقیب ژرمن می‌پردازد و او را تا محل اعدام شاه لوییس شانزدهم دنبال می‌کند، اما تصمیم می‌گیرد که بیشتر نزدیک الیزه باشد و از او محافظت کند. در ادامه‌ی داستان، الیزه از آرنو جدا می‌شود و از سوی دیگر انجمن اساسین‌ها نیز به خاطر نافرمانی‌های آرنو او را تبعید می‌کنند.

این شرایط باعث می‌شوند تا آرنو دچار افسردگی شدید شود. سرانجام الیزه پس از چند ماه آرنو را در شهر ورسای پیدا می‌کند و از او می‌خواهد تا به پاریس که اکنون در هرج و مرج کامل به سر می‌برد برگردد.