داستان بازی The Murder of Sonic The Hedgehog

در روز جشن تولد Amy Rose او به همراه دوستانش در قطار Mirage Express که برای رویدادهای خاص طراحی شده است، جمع می‌شوند تا در یک بازی معمایی قتل شرکت کنند. بازیکن، نقش یک کارمند تازه‌کار در قطار را دارد که توسط یک بلیط‌چی هدایت می‌شود تا در صورت نیاز به شرکت‌کنندگان کمک کند. مدت کوتاهی پس از شروع بازی، قطار به طور ناگهانی سرعت گرفته و باعث می‌شود که بازیکن به همراه Amy و Tails به انبار پرتاب شده و از هوش بروند.

آن‌ها پس از به هوش آمدن، به واگن غذاخوری بازگشته و در آن‌جا سونیک را می‌بینند که به ظاهر کشته شده است. در حالی که Amy به تنهایی برای یافتن قاتل شروع به تحقیق می‌کند، بازیکن و Tails سراغ تک‌تک مسافران قطار رفته و از آن‌ها بازجویی می‌کنند تا به جواب برسند. این دو پس از پشت سر گذاشتن سالن، کتابخانه، کازینو و اتاق استراحت، به واگن جلوی قطار می‌رسند و با استفاده از شواهدی که در طول راه جمع‌آوری کردند، متوجه می‌شوند که Espio با پرتاب یک دارت، سونیک را به قتل رسانده است. او بدون این‌که خودش در جریان باشد، دستورالعمل‌هایی که توسط خود قطار داده شده بود را دنبال می‌کرده که نشان می‌دهد این قطار توسط دکتر Eggman طراحی شده است. در واقع قطار که از بلیط‌چی به خاطر برنامه‌ریزی برای بازنشستگی و رها کردن آن ناراحت است، نقشه می‌کشد تا همه را در ازای دریافت جایزه به پایگاه Eggman رسانده و بدین طریق بلیط‌چی را مجبور کند تا برای همیشه با آن بماند.