داستان بازی Ghostwire: Tokyo

بازی با پرواز یک روح بر فراز صحنه‌ی تصادف آغاز می‌شود که به دنبال یک بدن برای تصاحب است. او بدن پسری به نام Akito را انتخاب می‌کند که در یک سانحه‌ی تصادف، جان خود را از دست داده است. Akito از خواب بیدار شده و هنوز بدن خود را کنترل می‌کند به جز دست راستش که تحت کنترل روح است. به زودی مه وحشتناکی در شهر پدیدار شده و همه ساکنین را تبدیل به روح می‌کند ولی Akito به لطف روحی که بدنش را تسخیر کرده نجات می‌یابد.

در این لحظه تصویر شخصی نقابدار با نام مستعار Hannya روی مانیتورهای نزدیک منطقه ظاهر شده که پس از استفاده از یک طلسم مخصوص برای احضار موجودات شیطانی، همه‌ی ارواح را در قفس‌هایی در سراسر شهر Shibuya زندانی می‌کند. روح به Akito می‌گوید که او باید جلوی Hannya را بگیرد ولی Akito می‌تواند روح را متقاعد کند که به او اجازه دهد به بیمارستان محلی رفته و از احوال خواهرش Mari آگاه شود.

روح با عطا کردن قدرت‌های ماورایی مخصوصی به Akito به او کمک کند تا به مبارزه با موجودات شیطانی احضار شده توسط Hannya بپردازد. هنگامی که آن دو به اتاق Mari در بیمارستان می‌رسند، توسط Hannya متوقف شده و متوجه می‌شوند که Hannya به دلیل شرایط منحصر به فرد Mari که هم‌اکنون در کما قرار دارد، می‌خواهد از او برای نوعی مراسم خاص استفاده کند.

 وقتی Akito سعی در دخالت دارد، متحدین Hannya او را به زنجیر می‌کشند و خود Hannya نیز قبل از بردن Mari سینه‌ی Akito را زخمی می‌کند. سپس با پخش شدن یک فلش‌بک معلوم می‌شود که Mari در آتش‌سوزی خانه گرفتار شده و بعد از این حادثه به حالت کما رفته است. Akito با روح صحبت کرده و مشخص می‌شود که نام روح KK می‌باشد. او موافقت می‌کند به Akito کمک کند تا بتوانند جلوی Hanya را بگیرند و به او می‌گوید به خانه‌ی امنی که خودش ساخته برود.

در آنجا KK می‌گوید او بخشی از گروه بازرسان بوده که سعی کردند Hannya را متوقف کنند ولی شکست خورده‌اند. سپس به Akito می‌گوید به برج مراقبت Kagerie برود تا شهر را برای یافتن سرنخ‌ها اسکن کند و یکی از متحدین Hannya را پیدا کند که به ایستگاه قطار زیرزمینی می‌رود. آن دو مأموریت خود را ادامه داده و یک زیارتگاه زیرزمینی پیدا می‌کنند که Hannya و هم‌دستانش در آنجا برای مراسم خود آماده می‌شوند. KK می‌گوید که Hannya قصد دارد به اندازه کافی روح بدزدد تا بتواند سد بین دنیای زندگان و مردگان را از بین برده و همچنین بتواند برای همیشه با همسر و دخترش که اکنون مرده‌اند زندگی کند.