داستان بازی Batman: Arkham Knight

در این لحظه، طی یک فلش‌بک داستانی می‌فهمیم که قبل از مرگ جوکر، خون آلوده‌ی او به بدن پنج نفر دیگر منتقل می‌شود که یکی از این پنج نفر بتمن است. بتمن آلوده شدن خود را از سایرین مخفی نگه می‌دارد و چهار فرد دیگر را که هم به لحاظ فیزیکی و هم ذهنی شبیه جوکر شده بودند زندانی می‌کند. جوکر که اکنون از طریق تجسم ذهنی ناشی از خون آلوده و ماده‌ی سمی می‌تواند به زندگی ادامه دهد، هر چند وقت یک بار ظاهر می‌شود و طبق عادت به مسخره کردن بتمن و ایجاد دردسر برای او می‌پردازد. بتمن پس از اینکه از کارخانه‌ی آس فرار می‌کند، بلافاصله به سراغ «گوردون» می‌رود و به او می‌گوید که دخترش دزدیده شده است؛ گوردون نیز با عصبانیت برای پیدا کردن مترسک به راه می‌افتد.
بتمن در ادامه متوجه می‌شود که مترسک، یک تاجر معروف به نام «سایمون استگ» را به خدمت گرفته است تا به کمک او، دستگاهی به اسم «رگبار» را برای انتشار سم در شهر بسازد. بتمن در کشتی هوایی استگ با مترسک روبرو می‌شود؛ این در حالی است که وجود ماده‌ی سمی باعث می‌شود تا جوکر بتواند کنترل بتمن را به دست بگیرد. از سوی دیگر شوالیه‌ی آرکام در تلاش است تا رگبار را خارج کرده و آن را فعال نماید.

به هر ترتیب بتمن موفق می‌شود تا اوراکل را در مخفیگاه مترسک پیدا کند، اما اوراکل که در معرض سم قرار گرفته بود، از ترس اقدام به خودکشی می‌کند. در همین هنگام، هارلی کویین وارد پایگاه بتمن در استودیوی فیلم‌سازی پنسا می‌شود تا نمونه‌های جوکر را آزاد کند. بتمن و رابین با کمک یکدیگر هارلی را دستگیر می‌کنند، اما یکی از نمونه‌های جوکر، سایرین را از بین می‌برد و سپس با اشاره به این موضوع که بهترین جانشین برای جوکر خودِ بتمن است، خودکشی می‌کند. رابین که حالا متوجه آلوده شدن بتمن شده است، تلاش می‌کند تا او را زندانی کند، اما بتمن با هوشمندی رابین را به دام می‌اندازد تا بتواند مترسک را دستگیر کند.
شوالیه‌ی آرکام رگبار را فعال می‌کند و کل شهر را آلوده به سم می‌سازد. بتمن با نابود کردن رگبار سعی می‌کند تا جلوی شیوع بیشتر سم را بگیرد و سپس آیوی را متقاعد می‌کند تا با قدرت بخشیدن به یک درخت باستانی، آثار مسمومیت را خنثی کند. ایوی موفق می‌شود تا این کار را انجام دهد، اما به خاطر نیروی زیادی که از دست می‌دهد، از پای درمی‌آید. از سوی دیگر تماس بیشتر بتمن با ماده‌ی سمی، تسلط جوکر روی او را بیشتر از قبل کرده است.