داستان بازی Armored Core VI: Fires of Rubicon

قهرمان داستان که اکنون با نام جعلی Raven شناخته می‌شود، خود را وارد جنگی می‌کند که بین چهار جناح زیر صورت می‌گیرد:

•  جلوداران آزادسازی روبیکان (RLF)
• مدیریت کفایت سیاره‌ای (PCA)
• صنایع Balam
• شرکت Arquebus

تمام این 4 جناح برای یافتن و محافظت از Coral با یکدیگر رقابت می‌کنند. Raven در طول نبردهای متعدد خود، با دو مزدور دیگر به اسامی Rusty و Carla دوست می‌شود که هر از چندگاهی به او در انجام مأموریت‌ها کمک می‌کنند. او مدتی بعد در امواجی خروشان از Coral گیر می‌افتد و یک زن به نام Ayre با او ارتباط برقرار کرده و می‌تواند به طور مستقیم با او صحبت کند.

پس از گیر افتادن Raven در موج خروشان، Walter تشخیص می‌دهد که Coral در مرکز Ice Field همگرا شده و این موضوع نشان می‌دهد که یک رسوب عظیم در آنجا پنهان شده است. همانطور که Raven مسیر خود را برای تحقیقات بیشتر ادامه می‌دهد Balam و Arquebus نیز او را دنبال می‌کنند که این امر باعث می‌شود PCA نیز وارد عمل شده و نیروهای نظامی خود را به همراه ابرسلاح‌های بازیابی شده Coral برای سرکوب رقبا ارسال نماید. Balam و Arquebus که نمی‌توانند با نیروهای PCA مقابله کنند، تصمیم می‌گیرند به کمک Raven آمده و به او کمک کنند تا با حمله به PCA قدرت آن را تضعیف نماید. Raven و نیروهای پشتیبان او می‌توانند در این مبارزه پیروز شده و نیروهای PCA را نابود کنند. پس از این پیروزی مشخص می‌شود که Ayre در واقع موجودی است که از خود Coral متولد شده و درون آن ساکن می‌باشد.

اکنون که PCA خسارات زیادی را متحمل شده، مجبور به خروج از سیاره Rubicon می‌شود ولی Balam و Arquebus دوباره خصومت‌ها را از سر گرفته و جنگ سه‌جانبه بین آن‌ها و RLF همچنان ادامه دارد، اگرچه Arquebus به دلیل تسخیر فناوری PCA حرف بیشتری برای گفتن دارد!

در ادامه Raven به دستور Walter برای تحقیقات بیشتر به یک تأسیسات زیرزمینی در خرابه‌های شهر Institute می‌رود که محل ذخیره Coral و همچنین ماده‌ای به نام Vascular Plant می‌باشد. این ماده که نوعی گیاه آوندی می‌باشد، برای استخراج Coral و فرستادن آن به فضا طراحی شده است. در همین حین نیروهای Arquebus سر رسیده و پس از دستگیری Raven شهر Institute را نیز تصرف می‌کنند. Carla پس از فراری دادن Raven توضیح می‌دهد که او و Walter بخشی از یک گروه به نام Overseer بوده‌اند که پس از متوجه شدن تهدید Coral قسم خوردند تا آن را نابود کنند. او همچنین از Raven می‌خواهد تا به فرماندهی یک سفینه مستعمره عظیم به نام Xylem کمک کند تا تهدید Coral را برای همیشه از سر راه بردارد. با این حال Ayre اجازه نمی‌دهد که Coral نابود شود و به پتانسیل همزیستی آن و بشریت اعتقاد دارد، بنابراین از Raven می‌خواهد که نسبت به حرف Carla بی‌اعتنا باشد. در این بخش دو انتخاب به بازیکن داده می‌شود.