داستان بازی Injustice 2

بازی با فرار Supergirl همراه با پسرعمویش Superman که یک نوزاد است، از سیاره Krypton در هنگام حمله Brainiac آغاز می‌شود. با کمک مادر Supergirl آن‌ها موفق می‌شوند با پادهای فرار به سمت زمین فرار کنند ولی چند لحظه بعد به خاطر انفجار سیاره Krypton مسیر Supergirl و Superman از یکدیگر جدا می‌شود. چندین سال بعد Batman و Robin را می‌بینیم که تلاش می‌کنند تا رژیم Superman را از کشتار زندانیان تیمارستان Arkham منع کنند. Batman که نمی‌تواند Superman را منصرف کند، با او مبارزه کرده اما توسط Robin که روش‌های Superman را ترجیح می‌دهد، مورد حمله قرار می‌گیرد. Batman سپس Robin را شکست داده اما Robin پس از کشتن Victor Zsasz یکی از زندانیان تیمارستان Arkham به رژیم Superman ملحق می‌شود.

سپس بازی به دو سال پس از سقوط رژیم Superman می‌رود، جایی که Batman و شورش او در تلاش برای بازسازی جامعه هستند. آن‌ها متوجه یک جناح جدید به نام Society متشکل از چندین شرور به رهبری Gorilla Grodd می‌شوند که به دنبال تسلط به کل جهان هستند. Black Canary و نسخه‌ای از جهان موازی Green Arrow همراه با Harley Quinn اصلاح شده، توسط Batman مأموریت می‌گیرند تا Society را متوقف کنند. بنابراین به باتلاق رفته و در آن‌جا با Swamp Thing و چند شرور دیگر مواجه می‌شوند که منجر به چندین مبارزه خواهد شد. سپس به دنبال شرورها به Gorilla City رفته و در آن‌جا با Doctor Fate روبرو می‌شوند که آن‌ها را از یک تهدید در راه، آگاه می‌سازد. در ادامه Black Canary و Green Arrow توسط مغز متفکر Society یعنی Brainiac که قصد دارد زمین را به مجموعه سیارات کوچک شده خود اضافه کند، ربوده می‌شوند. او سپس Brother Eye مرکز ارتباطات Batman را به دست گرفته و Batman نیز برای شکست دادن او به دنبال چندین متحد می‌گردد.

در حالی که Catwoman جاسوس Batman در Society می‌تواند Harley Quinn را نجات دهد، Green Lantern و Flash که اکنون اصلاح شده، به Batman می پیوندند تا Brainiac را نابود کنند. Green Lantern مأموریت می‌گیرد تا Aquaman را به شورش Batman دعوت کند که Aquaman در ابتدا این پیشنهاد را نمی‌پذیرد اما وقتی Brainiac به آتلانتیس حمله می‌کند، تصمیم می‌گیرد به شورش Batman ملحق شود. در همین حال Black Adam و Wonder Woman و Supergirl می‌توانند Nightwing و Cyborg را برای کمک به شکست Brainiac از زندان فراری دهند ولی توسط Blue Beetle و Firestorm شکست می‌خورند. Batman در ادامه Superman را از زندان مخصوص خود آزاد کرده و با اعضای رژیم با این شرط که هیچ کسی در نبردهای آینده کشته نشود، یک اتحادیه تشکیل می‌دهد.

سپس Cyborg و Catwoman و Harley Quinn به غار Batman می‌روند تا Brother Eye را از کنترل Brainiac آزاد کرده و اعضای Society که برای متوقف کردن آن‌ها فرستاده شده بودند را شکست دهند و در همین حال Wonder Woman و Supergirl با اعضای باقی‌مانده Society در New Metropolis مبارزه می‌کنند. Supergirl سپس برای مقابله با Superman به Fortress of Solitude رفته و در آن‌جا از ظلم او مطلع می‌شود. زمانی که Brainiac آماده نابودی زمین می‌شود، شورشیان و رژیم به سفینه او حمله می‌کنند ولی نمی‌توانند از سپرهای آن عبور کرده و ظاهراً Superman را از دست می‌دهند و تصمیم می‌گیرند با استفاده از نیزه Aquaman سپرها را ضعیف کنند. سپس Aquaman و Black Adam به دنبال Gorilla Grodd رفته و متوجه می‌شوند که او Black Canary و Green Arrow و Blue Beetle را شستشوی مغزی داده ولی می‌توانند آن‌ها را شکست داده و Gorilla Grodd در نهایت توسط Aquaman کشته می‌شود.