داستان بازی Atomic Heart

قهرمان بازی، سرگرد ارشد Nechayef (با نام رمزی P-3) یک کهنه‌سرباز جنگ جهانی دوم می‌باشد که حافظه خود را از دست داده است. او اکنون برای کمک به گسترش Kollektiv 2.0 به تأسیسات ۳۸۲۶ دعوت شده ولی پس از ورود، متوجه می‌شود که روبات‌های تأسیسات از کنترل خارج شده و شروع به قتل‌عام پرسنل انسانی کرده‌اند. دوست P-3 یعنی دکتر Sechenov توضیح می‌دهد که Victor Petrov مهندس ارشد Kollektiv 2.0 با دستکاری کردن گره Kollektiv 1.0 باعث شده تا مدیریت تسهیلات ۳۸۲۶ خراب شود و اکنون P-3 وظیفه یافتن و دستگیری او را دارد. P-3 با شریک هوش‌مصنوعی خود یعنی Charles باید با روبات‌های قاتل و آزمایش‌های بیومکانیکی ناموفق مقابله کرده و در عین حال با ثبات ذهنی خود که همیشه رو به وخامت است، برخورد نماید.

او در ادامه Petrov را در یکی از آزمایشگاه‌ها ردیابی کرده و متوجه می‌شود که او با یک جراح مغز و اعصاب به نام دکتر Larisa Filatova همدست می‌باشد. Petrov در ادامه می‌تواند فرار کند و پس از این‌که ظاهراً توسط یک روبات کشته می‌شود، P-3 جسد بدون سر او را پیدا می‌کند. در همین حال، دولت شوروی نسبت به آنچه در مرکز ۳۸۲۶ اتفاق افتاده مشکوک می‌شود، زیرا Sechenov مقیاس واقعی فاجعه را پنهان کرده است، بنابراین Molotov یکی از اعضای دولت شوروی تصمیم می‌گیرد تا شخصاً تأسیسات را بازرسی کرده و تهدید می‌کند که پروژه «قلب اتمی» Sechenov را تعطیل خواهد کرد. Charles به P-3 توضیح می‌دهد که Sechenov و دولت شوروی بر سر این‌که چه کسی در نهایت Kollektiv را کنترل کند، درگیر جنگ قدرت هستند و دولت شوروی مطمئناً از این حادثه به عنوان بهانه‌ای برای خلاص شدن از شر Sechenov استفاده خواهد کرد.

مدتی بعد Sechenov به P-3 مأموریت می‌دهد تا به دنبال Molotov برود اما هنگامی که P-3 با او ارتباط برقرار می‌کند، ناگهان از خواب بیدار شده و متوجه می‌شود که Molotov و تمام هیئت نمایندگان به قتل رسیده‌اند، در حالی که Sechenov ادعا می‌کند این قتل‌عام توسط ربات‌ها صورت گرفته است. همچنین مشخص می‌شود که Petrov هنوز زنده است و Sechenov به P-3 دستور می‌دهد تا به تعقیب او ادامه دهد. وقتی که P-3 به Petrov می‌رسد، Petrov افشا می‌کند که چگونه Sechenov قصد دارد میلیون‌ها نفر را به کشتن داده و بقیه را با فعال کردن Kollektiv به بردگی بکشد، به همین دلیل است که او سعی دارد پروژه را خراب کند. همچنین برای P-3 فاش می‌کند که روبات‌های سرکش از همان ابتدا یک حالت جنگی در آن‌ها نصب شده بود که او آن را فعال کرده بود. او پس از دادن یک جفت حلقه به P-3 خودکشی می‌کند. وقتی Sechenov در مورد حلقه‌ها می‌پرسد، P-3 در مورد چگونگی به دست آوردن آن‌ها دروغ می‌گوید و به این نتیجه می‌رسد که Sechenov و دولت شوروی، ربات‌های رزمی مبدل به ربات‌های غیرنظامی را در سرتاسر جهان توزیع کرده‌اند تا برای تسلط گسترده شوروی پس از گسترش Kollektiv آماده شوند. P-3 سپس سر Petrov را با دستگاهی که می‌تواند خاطراتش را استخراج کند، به آزمایشگاه می‌برد ولی Filatova دستگاه را با یک نارنجک نابود کرده و باعث بیهوشی P-3 می‌شود.

پس از این‌که P-3 بیدار می‌شود Filatova با او ارتباط برقرار کرده و از او می‌خواهد تا یکدیگر را در آزمایشگاه ملاقات کنند. او در آن‌جا آزمایشات انسانی را به P-3 نشان داده و مشخص می‌شود که Kollektiv در واقع وسیله‌ای برای ربودن اراده آزاد مردم و کنترل ذهن آن‌هاست. P-3 که از این افشاگری شوکه شده است، متقاعد می‌شود که با Filatova همکاری کند تا بتواند حقیقت را کشف نماید. او با جستجوی عمیق در آزمایشگاه، متوجه می‌شود که Charles یک هوش‌مصنوعی نیست، بلکه ذهن Chariton Zakharov دوست محقق Sechenov است که احتمالاً توسط خود Sechenov به قتل رسیده است.